Cluster Linux Server

当研究室では、Linux 上で構成されたLoad Sharing Facility （負荷分散機構 :LSF）を導入した計算環境を構築しています。各種計算モジュールを実行する上で、使用するコアの数やジョブの順序をシステム側が自動的に割り当てる仕組みです。計算者は、インプットファイル上ではコアとメモリ等を指定することが出来るが、どのnodeを利用するか、どのように並列計算するか、などは、特に記載する必要はありません。

• 128 core LSF
• サーバーラック1-3
• HPE ProLiant サーバー 8台 / 各ラック

利用可能なLinuxモジュール

• Nagara（統合環境）
• ドッキングシミュレーション
• ADT（インプットファイル作成、結果閲覧） AutoDock Vina（計算実行ソフト）
• 分子動力学計算　Amber / Amber Tools
• 量子化学計算（フラグメント分子軌道法：FMO法、分子軌道法、密度反関数法：DFT法　等）
  • Gauss View （インプットファイル作成、結果閲覧） Gaussian（計算実行）
  • Gaussian / Gauss View
  • GAMES
  • Pymol（Python）/ Python Molecular Viewer (PMV)
  • MGL Tools
  • AutoDock Vina / AutoDock Tools
  • Paics / Paics View
  • その他　多数

Windows計算環境

• 量子化学計算（フラグメント分子軌道法：FMO法、分子軌道法、密度反関数法：DFT法　等）
  • Gauss View （インプットファイル作成、結果閲覧） Gaussian（計算実行）
  • Gaussian16 / Gauss View
  • その他