The Nakayama Group aims to develop a fundamental understanding of chemical reactions, especially those that involve the transfer of electrons in systems including superoxide radical anion, phenolic antioxidants, biomolecules, and pharmaceuticals.

  • Electrochemistry of Dioxygen/Superoxide
  • Computetional Chemistry using Density Functional Theory
  • Pharmaceutical Application, Drug Discovery, Drug Degradation

Objectives

Our research activity focuses on the molecular control of disease applicable as pharmaceuticals with the scientific view of chemistry and computation. In particular, we have investigated in chemical informatics as an in silico approach and simulation analysis of experimental data as an in vitro approach. These approaches are based on the following idea that various vital activities including disease onset and pharmacology are energetically controlled by electron transfer induced by chemical reaction though theory of transition states with energy surface of electron transfer is indispensable for analysis. Practically, we adopt some methods and theories ;quantum theoretical chemistry, electrochemistry, and analytical chemistry, to clarify the mechanism of living phenomenon as electron transfer and energy conversion associated with the chemical reaction. Moreover to enable the efficient and high reliable R&D for the molecular control of disease, we use computing analyses of reaction energy / coordinate which decide reaction.

研究方針

生命現象や薬物の作用は、様々な生体分子の働きによって営まれていますが、最終的な機能発現と生体分子間相互作用は、シンプルな化学反応(Chemical Reaction)が担っています。

当研究室では、薬学の課題に対して化学計算科学の側面からアプローチし、疾患の分子制御を目指した研究を展開しています。

特に生体内電子移動が関与する科学現象について、in vitroの電子移動解析、化学反応解析と、in silicoの量子科学解析を組み合わせることで、高精度な反応機構解析に取り組んでいます。

これは、疾患の発症から薬理作用に至る生体内の様々な現象が、生体内分子の化学反応に基づいた電子移動によってエネルギー的に制御され、現象の解析には反応の遷移状態とエネルギー局面の解析が不可欠であるという考えに基づいたものです。

例えば、生体内の免疫反応は、抗原抗体反応に基づいて発せられる免疫シグナルが、抗原を駆逐するべく貪食細胞を誘導します。この貪食細胞は抗原を取り込み、最終的には細胞内の活性酸素により、化学的な酸化反応によって分解します。

このように、様々な生体シグナルが発せられても、最終的な反応性を決定するのは化学反応や電子移動反応です。

上述の理念の下、酸素の電子移動における反応機構解析を通じて、疾患と生命現象の化合物制御を達成することを目指しています。

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Gaussian Tips

Keyword & Example (input file)OptFreqTSDFTB3LYPIRCGu...

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Error List

Error United Atom Topological Model (UA0 parameters set). UA0: Hydrogen xx has 2 bonds. ...

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Computational environment

Cluster Linux Server当研究室では、Linux 上で構成されたLoad Sharing Facility (負荷分散機構 :LSF)を導入した計算環境を...

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Electrochemistry of dioxygen

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酸素の量子トンネルを使ったエネルギーの効率的な取り出し方

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潰瘍性大腸炎およびクローン病は、大腸や消化管における非特異的炎症性腸疾患(Inflammatory bowel disease)であり、厚生労働省により難治性特定疾患(難病)に指...

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Aprotic Electrochemistry

E-Chem cellFor electrochemical measurements in non-aqueous (aprotic) solutions, a two...

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研究テーマ Research

The Nakayama Group aims to develop a fundamental understanding of chemical reactions, esp...

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In vivo metabolic mechanism of dioxygen

O2•−, which is generated by various factors in the living body, is a central substance of...

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専門分野・設備 Field

Electrochemistry (E-chem)Electrochemical cell/EC frontierElectrochemistry is the ...

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アビガンの活性酸素種による分解メカニズム

AbstractElectrochemical analyses aided by density functional theory calculation...

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置換基の誘起効果はProton-coupled electron transferを促進するのか?抑制するのか?

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Computational Chemistry

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電気化学・量子化学計算の薬学応用(pharmaceutical)

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中間体ラジカルの分解を防いだキノイド分子の創製

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情報処理基礎実習1回生 前期毎週  月・木 3-4限三田洞キャンパス 4F 村山記念情報センター講義ノート 学内専用(G Su...

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タンパク質内部構造酸化と立体構造破綻

概要(Oxidation of internal bonds of proteins)『タンパク質の老化』を防ぐことが様々な老齢性脳疾患の治療薬開発に繋がるという信念の元...

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直交π平面を有するフェノール類のプロトン電子共役移動反応の磁場制御

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Publications

Electronic Inductive and Resonance Effects of Substituents on Concerted Two-proton-coupl...

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Gifu Pharmaceutical Univsersity 〒501-1196 1-25-4, daigaku-nishi, Gifu, Japan 058-230-...

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